Pada saat itu program Magister Biologi Reproduksi aktifitas pendidikannya secara hukum dibawah Program studi ilmu Tanaman Program Pascasarjana, meskipun pada hakekatnya semua aktifitas akademik sudah sangat mandiri dapat dilakukan di Departemen Biologi dan beberapa Fakultas Pendukungnya, tetapi baru tahun 1999 usulannya terealisasi setelah turunnya SK No 362/DIKTI/Kep/1999, tanggal 26 Juli 1999. Setelah turunnya SK tersebut Program Studi Biologi Reproduksi secara de jure sudah merupakan program studi yang mandiri di bawah Program Pasca Sarjana UB. Pada tahun ajaran 2006/2007 manajemen pascasarjana di UB dipindahkan ke Fakultas yang merupakan induk keilmuan dari Program Pascasarjana, sehingga PS Biologi Reproduksi dikelola langsung oleh Departemen Biologi Fakultas MIPA UB.

Perkembangan PPS Biologi Reproduksi dapat dikatakan berkembang signifikan mengikuti perkembangan Departemen Biologi. Dengan dukungan dana Block Grant TPSDP, sumber daya manusia JBUB meningkat secara signifikant, baik dari indikator penambahan jumlah staf dosen bergelar S-3, jumlah publikasi dan kehadiran dosen pada forum-forum ilmiah di tingkat nasional dan internasional, fasilitas laboratorium, perpustakaan, maupun akademik atmosfir di departemen juga semakin meningkat. Disisi lain perkembangan sain dan teknologi terutama di bidang molekuler biologi semakin pesat, ilmu biologi modern bukan sekedar hanya berkaitan dengan bioteknologi, tetapi juga sangat berkaitan dengan masalah-masalah lingkungan dan keanekaragaman hayati. Menyadari hal tersebut, program S2 Biologi reproduksi selanjutnya berganti menjadi Program Magister Biologi dengan minat

• Biologi Reproduksi,
• Biologi Molekuler,
• Bioteknologi,
• Biologi konservasi (Biologi lingkungan dan manajemen sumber daya hayati).

Para lulusan Magister Biologi diharapkan mempunyai kompetensi yang tinggi pada bidang biologi modern sehingga dapat bergerak di berbagai bidang seperti pendidikan, adavokasi masyarakat, birokrat, penelitian dan pengembangan ilmu maupun kerja mandiri sebagai wirausahawan terutama yang bergerak di bidang bioindustri, Biokonservasi, maupun manajemen sumber dayhayati, dimana sektor ini merupakan sektor yang sangat prospektif dan sangat di butuhkan dalam meningkatkan daya saing bangsa.

VISI, MISI DAN TUJUAN

VISI
“Menjadi program studi teladan dalam menyelenggarakan pendidikan S-2 Biologi sesuai dengan standar internasional terbaik melalui inovasi penelitian dan pengembangan konsep biologi modern untuk memahami makna kehidupan, fungsi penciptaan dan berperan aktif dalam memecahkan masalah biologi yang dihadapi masyarakat.”

MISI
Melayani masyarakat Jawa Timur, warga negara Indonesia dan umat manusia melalui program-program terbaik untuk:

• Menyelenggarakan pendidikan magister agar lulusan memiliki pemahaman menyeluruh tentang konsep biologi modern dan profil akademik yang baik, menjunjung tinggi etika dan mampu bekerja sama secara interdisiplin untuk konservasi biosfer.
• Mendidik mahasiswa untuk memiliki ketrampilan dan kemahiran inovasi penelitian dalam pengembangan biologi reproduksi.
• Mendidik mahasiswa agar mampu bekerja dalam tim dengan kemadirian penuh, mempunyai tanggung jawab dalam pengambilan keputusan untuk mengembangkan ilmu dan menyelesaikan masalah terkait bidang biologi atau multidisiplin.

TUJUAN

• Menghasilkan magister biologi yang berkualitas, bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berjiwa entrepreneur, sehingga menjadi tenaga kerja profesional yang mampu bersaing di tingkat internasional.
• Mengembangkan IPTEK berdasarkan konsep biologi modern yang dipublikasikan secara ilmiah dan bermanfaat untuk membantu masyarakat.
• Melakukan upaya-upaya untuk menerapkan IPTEK hasil-hasil penelitian melalui program pengabdian kepada masyarakat.